悪夢のような大統領予備選挙から1年半後、パーマーのもとに「L.A.が核の標的になっている」という情報が届く。しかも、核爆弾は今日、L.A.のどこかで爆発するという。テロリストは以前ジャック・バウアーが潜入捜査したグループと関係があった。だが、その頃バウアーはCTUを休職し、荒れた生活を送っていた。一旦はCTUからの協力要請を断ったバウアーだったが、テロ阻止のため再び立ち上がる決意を固める。